О оформлении гражданства дитю

Вот такой вопрос :
Сын рожден в 1997 не в Москве, но на территории России. В св-ве о рождении нет отметки о том, что он является гражданином РФ. Слышу уже не в первый раз о том, что ему нужно оформить свидетельство о гражданстве РФ. Проблема в том, что в возрасте 2 лет я его из этого города увезла. Мы жили в Москве, имели временную регистрацию у свекров в квартире на 5 лет. Недавно купили квартиру в Подмосковье и туда прописали меня и сына. При прописке естессно возник вопрос и его гражданстве, для пасп стола специально привезли выписку из лицевого счета из города рождения что он был прописан там со мной с рождения. Прописку дали, но предупредили что при получении паспорта у моего сына могут возникнуть проблемы из за гражданства, т.е. штампик в св-во о рождении поставить не могут, оно заламинировано, а вкладыш на ребенка уже давно отменен. Что мне теперь делать то? Хотим на него загран паспорт оформить. Куда нам обращаться чтобы это гражданство получить? Нач-ца пасп стола в Подмосковье сказала, что даже при том, что я и бывший муж граждане России, ребенку нужно подтверждение гражданства. Но это же абсурд?! Или я в законах вообще ничего не понимаю?
Подскажите, пожалуйста, как поступить, куда бежать, что делать?