1. Цвет квадратика с символом может соответствовать цвету нитки в палитре ("Use actual floss color"), а может быть любого цвета ("Use alternative color"). Вот я тот цвет, который собираюсь вышивать, делаю ярко-красным. Неважно, какого цвета нитка - синяя, желтая, белая - ставлю такой красный, чтобы прям "вырви глаз". Потом нажимаю кнопку выделения одного цвета - и этот пронзительный красный видно просто прекрасно. По окончании отшива цвета возвращаю его в исходный цвет нитки, а красным становится следующий цвет.
2. Для каждого цвета задаю для символа французских узелков контрастный цвет. Поскольку цвет квадратика у меня красный, для французских узелков я выбрала пронзительно-бирюзовый. Начиная вышивать очередной ряд, я в начале этого ряда на схеме ставлю француза. Если ряд длинный (30 и более крестиков, например) - отмечаю не только начало, но и конец, чтобы не ошибиться. Дошила ряд - два (или четыре) клика мышкой: снять старые французы, поставить новые, на следующем ряду. Времени отнимает минимум, пользы - максимум. Как и первый пункт, впрочем. Вот, сняла скриншот, как обычно выглядит схема, по которой я вышиваю:

Очень облегчает жизнь.